J'ai découvert goscryptfs (nuetzlich.net/gocryptfs/), c'est un outil qui s'appuie sur FUSE et qui chiffre de manière transparente les fichiers. Je l'utilise maintenant pour synchroniser mes fichiers perso sur le nuage.
Mon fournisseur de nuage (pCloud), propose une solution intégrée à leurs outils, mais j'ai moyen confiance.